Vurdering av risikoen for smitte av Legionella kan ikke baseres på en enkelt eller noen få vannanalyse alene. Det er flere årsaker til dette:
Det må gjøres en teknisk gjennomgang og datainnsamling fra anlegget for å vurdere sannsynligheten for bakterievekst og smitte via aerosoler, samt mulige konsekvenser for dette. I dette arbeidet utarbeides en risikovurdering som også gir anbefalinger om risikoreduserende tiltak. I denne sammenheng er vannanalyser bare en av flere parametere som må kontrolleres.
Når en mikrobiologisk analyse skal brukes for å evaluere risikoen for Legionella er det anbefalt at det analyseres nettopp for legionellabakterien, enten ved dyrking eller PCR-teknikk. Vannprøver som tas kan også analyseres for kimtall. Kimtall sier noe om det totale innholdet av bakterier og mikroorganismer i vannprøven og er med andre ord en hygieneindikator som sier noe om generell begroing i rørene. Siden det ikke er noen sammenheng mellom resultat på kimtallsanalyser og funn av Legionella, anbefales det sjelden å bare ta kimtallsanalyser.
Mikrobiologiske analyser kan også ha andre formål knyttet til legionellakontroll: